Cuando se ha consumido todo el oxígeno disuelto, la degradación se toma anaeróbica, desapareciendo la vida animal y apareciendo compuestos típicos de la putrefacción, generalmente mal olor, como el sulfhídrico, la putrescina. etc.
Sus efectos son diferentes según se trate de materia orgánica biodegradable o no biodegradable.
- La primera provoca una disminución del oxígeno disuelto por consumo de éste en los procesos de degradación, reduciendo la capacidad de auto depuración de un río.
- La segunda puede presentar efectos diferentes como son la acumulación en los tejidos animales y la toxicidad.