El color en las aguas naturales puede ser debida, tanto a la presencia de sustancias solubles como a partículas en suspensión. Este último caso da lugar al fenómeno de la turbidez, que se describe más adelante.
El agua natural de grandes reservorios es ya de por si azul, debido a procesos de dispersión molecular. El color es tanto más azul cuanto menor es la cantidad de partículas en suspensión. De hecho, la presencia de estas últimas especies es la causa de que el color del agua en los reservorios cambie a verde. Este color, también puede ser debido a la presencia de sales de calcio disueltas, mientras que los compuestos de hierro imparten una coloración al agua, desde amarilla a rojiza, dependiendo de la naturaleza química del compuesto.
Las sustancias orgánicas, también pueden impartir color al agua natural. Por ejemplo, los taninos y el humus, producidos por la descomposición de la materia orgánica, que se incorporan a las aguas a través de su drenado en terrenos pantanosos o turbosos, imparten una coloración que va desde el amarillo a un color negro-marrón.
Se denomina color verdadero, al color que imprimen las sustancias disueltas y las partículas coloidales. Para su medida, antes se debe proceder a la filtración de la muestra con filtros de 0,45 um de tamaño de poro. Se reserva el nombre de color aparente al que se observa en una muestra no filtrada, gracias ala presencia de material en suspensión.
El color de una muestra se mide por comparación con disoluciones estándard coloreadas de cloroplatinato potásico y cloruro de cobalto. Las medidas se realizan mediante espectrofotometría, expresándose los resultados en mg de Pt por litro (unidades Hazen).