Los lagos, salares y lagunas que existen en esta región se forman por estancamiento de las lluvias que caen durante el verano en el altiplano.
A la vez, las condiciones climáticas, así como las caracteristicas del suelo, no permiten un desarrollo y el escurrimiento constante de cursos de aguas importantes.
En la zona altiplánica se encuentran los ríos Caquena y Lauca, cuyas aguas desembocan en territorio boliviano. Además, en este mismo sector se destacan las lagunas Parinacota, Cotacotani y Blanca, el lago Chungará y el salar de Surire.
En el Sector de la meseta del Tarapacá (depresión intermedia) se desarrollan el Río Lluta y algunos cursos de agua que pasan por las quebradas de Camarones, Vítor y Azapa, y que, ocasionalmente, llegan al mar. Estos pequeños ríos han permitido la práctica de agricultura en los OASIS, la que consiste, principalmente, en cultivo de hortalizas, cítricos y aceitunas.
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